复旦大学附属华山医院(原上海医科大学附属华山医院)抗生素研究所前身为抗生素临床应用研究室，成立于1963年，设在当时的上海第一医学院(后为上海医科大学)附属第一医院(现华山医院)内。至1985年扩建为抗生素研究所。该所同时也是我国国家教育部(原国家教委)首批批准的传染病学科博士点(1978年)，重点学科(1989年)，211重点建设项目(1996年)、卫生部重点开放实验室——抗生素临床药理室(1984年)、首批卫生部确定的抗感染药临床药理基地(1983年)、国家细菌耐药性监测中心(1988年)。 研究所(室)首任主任为蜚声中外的临床医学专家戴自英教授，第二任所长为汪复教授，现为张婴元教授。研究所的各级医务人员在老一辈教授的谆谆教诲和指导下，40余年来在医疗、教学和科研工作中作出了显著成绩。